Małgorzata Benedyk-Machaczka obroniła doktorat w 2007 roku na Wydziale Chemii i Farmacji Uniwersytetu w Műnster w Niemczech. W 2011 roku, po odbyciu stażu podoktorskiego w Instytucie Immunologii Uniwersytetu w Műnster w Niemczech, dołączyła do Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie jako stypendystka Programu Team (FNP).
Jej zainteresowania badawcze koncentrują się na badaniu mechanizmów leżących u podstaw klinicznych i epidemiologicznych powiązań między zapaleniem przyzębia a bakteriami odpowiedzialnymi za paradontozę i choroby ogólnoustrojowe człowieka, za co wraz z zespołem otrzymała nagrodę Clinical Research Award 2020 od Amerykańskiej Akademii Periodontologii. Dodatkowo, dr Benedyk-Machaczka zaangażowana jest w badania wyjaśniające mechanizmy powstawania nowotworów i skuteczność nowych terapii przeciwnowotworowych, w których głównym narzędziem badań są zwierzęce modele in vivo.